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本季继续讲述超人在大都会打击犯罪、保护地球的故事，同时扩展了DC宇宙，加入了蝙蝠侠、海王、未来正义联盟成员等角色，并深入塑造了达克赛德作为终极反派的威胁。本季介绍了多个强大敌人，包括控制火焰的妖姬、制造人偶的玩具人、以及第五维度的密克西施匹特里克。蝙蝠侠失踪后，超人伪装成蝙蝠侠，与罗宾联手调查，最终发现布莱尼亚克在幕后操纵；正义联盟成员穿越时空，阻止布莱尼亚克在克拉克还是少年时就试图消灭他；达克赛德发动全面战争，导致大都会陷入战火，超人奋力抵抗，最终失去好友丹·特克，陷入悲痛；最终战役中，超人被达克赛德洗脑，误以为自己是阿普考利斯的战士，导致他短暂成为地球的敌人。尽管他最终恢复清醒，但人类开始对他产生恐惧和不信任，影响深远。这一季不仅让超人面对更大的挑战，也为《正义联盟》动画系列埋下伏笔，特别是超人与达克赛德的宿敌关系成为未来剧情的重要核心。