导演：山口晋 佐藤顺一 

主演：渡边久美子 川上伦子 斋藤千和 小樱悦子 中田让治 子安武人 草尾毅 平松晶子 石田彰 池泽春菜 能登麻美子 广桥凉 桑岛法子 辻希美 藤田圭宣 小伏伸之 藤原启治 

　　正当Keroro小队们向着第四年TV动画进发时，其第二部剧场版《超剧场版Keroro军曹2 深海的公主、是也！》即将于3月17日开始在日本上映。继宣扬“友情”最高的第一弹剧场版结束之后，此次剧场版将大力宏扬伟大的家族之爱。　　终于水之惑星马隆星开始了对地球的侵略。马隆星的末裔Meru王子和他的随从Maru，常年2个人生活的他们决定寻重建他们的世界，于是他们开始寻找公主的候补人选。而被选中的竟然是Keroro小的队所居住的日向家的长女，日向夏美！Keroro一行开始向着深海所在的秘密王国出发，解救被掳走的夏美。